MUSEUM AMPURIENSE trova il suo cuore segreto nell'allestimento realizzato nei suggestivi ambienti ipogei scoperti sotto i pavimenti della Cattedrale. Le antiche tombe hanno restituito alcune mummie umane, le cui analisi hanno permesso di compiere studi nel settore della genetica degli agenti patogeni. Le Cripte sono diventate le sale espositive per la custodia di opere inedite straordinarie quali ad esempio, il simulacro della Madonna di Salasciu (XIII sec.) e il Reliquiario di tutti i Santi, un opera mista del barocco sardo-castigliano del XVI secolo. Nelle Cripte è stato riunificato il ciclo delle opere superstiti del Retablo di Sant'Antonio a Castelsardo. Completa l'esposizione la straordinaria collezione del tesoro della Cattedrale di Ampurias.